– Dị ứng với các thành phần của thuốc. 

– Alphachymotrypsin chống chỉ định với bệnh nhân giảm alpha-1 antitrypsin. Nhìn chung, những bệnh nhân bị phổi tắc nghẽn mãn tỉnh (COPD), đặc biệt là khi phế thũng, và những bệnh nhân bị hội chứng thận hư là các nhóm đối tượng có nguy cơ giảm alpha-1antitrypsin.

– Alphachymotrypsin thường dùng phối hợp với các thuốc dạng enzym khác để gia tăng hiệu quả điều trị. Thêm vào đó, chế độ ăn uống cân đối hoặc sử dụng vitamin và bổ sung muối khoáng được khuyến cáo để gia tăng hoạt tính alphachymotrypsin. 

– Một vài loại hạt như hạt đậu jojoba (ở Mỹ), hạt đậu nành dại Cà chua nhiều loại protein ức chế hoạt tính của alphachymotrypsin. Các loại protein này có thể bị bất hoạt khi đun sôi. 

– Không nên sử dụng alphachymotrypsin với acetylcystein, một thuốc dùng để làm tan đàm ở phổi. Không nên phối hợp alphachymotrypsin với thuốc kháng đông (máu loãng) vị làm gia tăng hiệu lực của chúng.

– Không có bất kỳ tác dụng phụ lâu dài nào do sử dụng alphachymotrypsin ngoại trừ các đối tượng đã nêu trong mục thận trọng. 

– Nhiều nghiên cứu chỉ ra rằng ở liều thường dùng các enzym không được phát hiện trong máu sau 24 – 48 giờ. Các tác dụng phụ tạm thời có thể thấy (nhưng biến mất khi ngưng điều trị hoặc giảm liều) thay đổi màu sắc, độ rắn và mùi của phân. Một vài trường hợp đặc biệt có thể bị rối loạn tiêu hóa như đầy hơi, nặng bụng, tiêu chảy, táo bón hoặc buồn nôn. 

– Với liều cao, phản ứng dị ứng nhẹ như đỏ da có thể xảy ra.